רשות הניקוז הינה גוף סטטוטורי עצמאי שהקמתו נקבעה בחוק הניקוז וההגנה מפני שטפונות התשי"ח 1957, וחברים בה נציגי 29 הרשויות המקומיות הנכללות בתחומהּ ונציגי ממשלה.

בעקבות אירועי השטפונות שאירעו בחורף 1992-1991 והסבו נזקים כבדים, פרסם מבקר המדינה בשנת 1993 דו"ח ביקורת מיוחד אודות תשתיות הניקוז במדינה. בעקבות הדו"ח נקבע כי לצורך טיפול יעיל בנושא הניקוז יש לראות באגן ההיקוות כולו מיקשה אחת הדורשת טיפול. כן נקבע מעמדן העצמאי של רשויות הניקוז.

במסגרת המסקנות מדו"ח המבקר הוחלט לפתוח בהליך ארגון מחדש של רשויות הניקוז ושינוי אזורי הניקוז בגבולות המבוססים על מעטפת גבולות של אגני היקוות.

במסגרת תפקידה פועלת רשות הניקוז להסדרת אפיקי וערוצי ניקוז למניעת שטפונות והצפות. עם העלייה במודעות הסביבתית לחשיבות הנחלים וכן העלייה התלולה בביקוש התיירותי לבילוי על גדות נחלים עלה גם הצורך בהיערכות ייחודית לתכנון, תחזוקה ובקרה על הנחלים בתחום אגן ההיקוות וכן לאורך הירדן שמדרום לכינרת ועד למפגש הירדן עם הירמוך בגבול ממלכת ירדן. לאור עליית המודעות לחשיבות הנחלים הוכרזה רשות ניקוז כינרת גם כרשות נחלים וככזו היא עוסקת בתכנון ושיקום הנחלים הראשיים בתחום האגן.

במשך למעלה מ- 40 שנים, פעל במסגרת זו אגף מינהלת הכינרת, שעסק בשמירה על איכות מקורות המים כזרוע של רשות המים.
מינהלת הכינרת הוקמה כגוף ממלכתי בשנת 1969 במטרה למנוע זיהום באגן ההיקוות של הכינרת ולשמור על איכות המים בכינרת.

תפקידה של מינהלת הכינרת היה להבטיח שהכינרת תוכל להמשיך ולמלא את הפונקציות השונות (והסותרות לעיתים) שהיא ממלאת: מאגר לאספקת מים שפירים, נכס תרבותי בתודעה הגיאוגרפית וההיסטורית של א"י והעולם כולו, מרכז לנופש, רחצה ושייט, מקור לדייג מסחרי ובית לרבבות התושבים החיים סביבה.

מינהלת הכינרת שאבה את סמכויותיה מחוק המים אשר הואצל לה ע"י מנהל רשות המים. מתוקף סמכויות אלה התבצעה פעילות רחבת היקף למניעת זיהום מקורות המים באגן ההיקוות ובכינרת.

הפעילות כללה מערך בקרה הנדסית אזורית על הגורמים הישירים והעקיפים המשפיעים על איכות המים ומערך של פיקוח כולל לאיתור, מניעה וטיפול בגורמי הזיהום. כל אלה מלווים במערך ניטור רצוף וקבוע.

בשנת 2015, לאחר למעלה מארבעים שנות פעילות, הופסקה ע"י רשות המים פעילותה של מנהלת הכינרת, במקומה פועל כיום אגף בשם "מינהלת הכינרת" בתחום ניהול חופי הכינרת עבור איגוד ערים כינרת.

אגף מינהלת הכינרת החל לפעול בשנת 2008, וכזרוע הביצוע של איגוד ערים כינרת – עם פרסומו ברשומות חוק הסדרת הטיפול בחופי הכינרת (התשס"ח, 2008). על האיגוד ליזום פעולות שנועדו להסדיר את ההפעלה התקינה של כלל החופים הציבוריים סביב הכינרת וכן לפקח על ביצוע חוק חופי הכינרת ועוד 23 חוקים ופקודות הנוגעים להסדרת הפעילות בחופי הכינרת ובמימיה.

באגף מינהלת הכינרת שלוש יחידות פעילות.
יחידת תכנון והנדסה יוזמת ומקדמת פרויקטים בסובב כינרת משלב התכנון ועד לביצוע וכן יוזמת ומנהלת הליכי תכנון ברמות שונות החל משינויי תב"ע נקודתיים ועד לשינוי כולל בתמ"א 13 ועוד.
יחידת ניהול החופים עוסקת בניהול השוטף של חופי הכינרת המוסדרים והפתוחים אשר בתחום השיפוט של איגוד ערים כינרת. הניהול השוטף כולל עבודות תחזוקת תשתיות וניקיון, רישוי עסקים, הקמת תחנות הצלה ועוד.
יחידת הפיקוח והאכיפה באגף מינהלת הכינרת עוסקת באכיפת החוקים והתקנות המופיעים בתוספת השנייה לחוק הסדרת הטיפול בחופי הכינרת ומקיימת שיתופי פעולה עם משטרת ישראל, רשות הטבע והגנים, המשרד להגנת הסביבה ועוד.